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第３話　大気圏突入

ムービー発生：無し
会話イベント：ホワイトベース（ブライト）が大気圏突入でガルマのセリフ
　　　　　　　アムロとシャアが戦闘

宇宙、空、地上、が戦場となる。オリジナルは２部隊出撃できるので１つの部隊を飛行機部隊にするか、ドダイを使って飛行部隊にするか、もしくは空は増援で出現するマチルダの飛行部隊にまかせるか、どれを選択しても良い。但し、オリジナルを育てたい、ＭＳを使いたい、という場合はドダイを使う方法を選ぼう。また、このステージではザニーやザク�UＦ型やザク�UＪ型をＡＣＥにしておきたい。そして、ドップやマゼラ・アタックを１機は捕獲しておこう。
まず宇宙ではアムロ対シャアになるが、ここでもシャアは相手にせず戦艦を撃墜する。サラミスはコロニーの占領役。空にいるガウは地上に爆撃してくるので早目に撃墜したい。地上は２部隊を左右に分けて進ませる。１部隊を空に行かせる場合には、その部隊を左下へ行かせ、最初に近づいてくる敵の１部隊を全滅させてから空に上昇してガウの部隊を攻撃する。右上は敵が１部隊しかこないので、それを倒したら左下の方へ行かせる。敵は味方本拠地を目指してくるので道を塞ぐように攻撃しよう。ちなみに、ザク�UＦ型はザク�U改よりも高機動型ザク�Uへ開発しておく方がオススメ。