○ 後半（５０Ｔ～９９Ｔ）
５ イベント（ＥＸＡＭ計画、アスタロス計画、ルビコン計画、アプサラス開発計画）
ＥＸＡＭ計画を発動すると、しばらくして「ＮＴを派遣して欲しい」という要請が出される。ここで「ＹＥＳ」にすると、イフリート改やＢＤ系ユニットの入手という流れへ進み、最後まで原作通りに進めるとニムバスを失う事になる。しかし、この選択肢で「ＮＯ」を選んでおくと、ニムバスを失わずに済む上に、しばらくしてからマリオン・ウェルチがパイロットとして使えるようになる。イフリート系やＢＤ系のユニットは特に必要ではないので、ここで「ＮＯ」を選んでおく方がオススメ。
アスタロス計画を発動すると、ライノサスを入手できるがヴィッシュが行方不明になってしまう。但し、ヴィッシュは第２部で復帰するので、ライノサスを入手するために実行しておいても良い。しかし、アスタロス散布は実行しない方が良い。散布を実行すると地球の生産力が下がってしまい、それはこちらにとってもマイナスになるし、第３勢力の友好度も下がってしまう。
ルビコン計画を発動した場合は、常に諜報レベルをＭＡＸにしておこう。作戦の成否は諜報レベルの高さが関係していて、低いと原作通りの展開となり、シュタイナー、ミーシャ、ガルシア、バーニィ、というパイロットが死亡する事になる。逆に、諜報レベルが高いと、サイクロプス隊は全員無事に帰還し、ＮＴ－１の開発プランを入手してきてくれる。
アプサラス開発計画はＭＡ研究レベルが基準に達すると発動できるようになる。最後まで原作通りに進めるとアプサラスⅢまで開発できるようになるが、ノリス、アイナ、ギニアス、という３人を失ってしまう。この３人は第２部でもジオン軍に残るので、アプサラスを開発できるようになる事よりも、この３人を生き残らせる方がオススメ。発動後、１回目か２回目の選択肢で「ＮＯ」を選び開発計画を中止すれば３人を生き残らせる事ができる。